Restauração da independência
Em 1640, quando a burguesia e a aristocracia portuguesas, descontentes com o domínio castelhano sobre Portugal, que se propunha efetivar o valido Olivares, terminando com a monarquia dual, quiseram restaurar a dinastia portuguesa, foi ele o escolhido para encabeçar a causa. Dom João aceitou a responsabilidade com relutância, por influência da sua mulher Luísa de Gusmão. Em causa estava a prudência que se impunha na escolha da conjuntura favorável e do tempo preparatório necessário para o efeito, uma vez que Portugal estava quase desarmado e Castela apresentava-se como a maior potência militar na Europa. Luísa de Gusmão, sendo irmã do Duque de Medina Sidónia, que sonhou com o governo de Andaluzia, podia estar a ser influenciada por ele.
A nomeação do Duque para Governador-Geral das Armas de Portugal veio a ser o motor da revolta, propiciando-a. Nos fins de junho de 1639 esteve em Almada, sendo visitado por muitos nobres, alguns desesperados com as violências do governo filipino. Entre eles, Pedro de Mendonça Furtado, Jorge de Melo (irmão do Monteiro-mor), Antão de Almada e o velho Miguel de Almeida (da casa de Abrantes). O plano da conjura teria sido então apresentado ao Duque: eles, e os seus parentes e amigos, aclamavam-no em Lisboa, apoderando-se do Paço, matando o detestado Miguel de Vasconcelos. Mas o Duque recusou, pela consciência de que «não havia ainda ocasião» e aconselhou prudência aos mais exaltados. No dia 1 de julho, o Duque foi a Lisboa saudar a princesa Margarida e teve uma calorosa receção da parte da nobreza, dos membros do clero e do povo.
Em agosto de 1640, Filipe III de Portugal pretendeu convocar Cortes nos seus outros reinos de Aragão e de Valência, para aquietar o espírito dos catalães, que tinham declarado independência. Ordenou que o acompanhassem nessa jornada também fidalgos portugueses, sobretudo aqueles que eram comendadores das ordens militares. «Todos compreenderam que partindo para a Espanha iriam acelerar o processo de absorção política que o conde-duque de Olivares pretendia», segundo o historiador Veríssimo Serrão. A recusa de muitos em cumprir a ordem régia foi o rastilho para os acontecimentos que se verificaram a 1 de dezembro.
Houve então uma reunião a 12 de outubro em casa de Antão de Almada. Mendonça Furtado foi a Évora sondar Francisco de Melo, Marquês de Ferreira, também ele um Bragança, bem como outros nobres. Seguiu, depois, para Vila Viçosa, onde não escondeu ao duque a urgência dos conjurados em lançarem o movimento. Para a aceitação de Dom João teriam contribuído António Pais Viegas e a duquesa Luísa que, segundo a tradição romântica tardia, «de maneira varonil, quebrara os receios do marido ao afirmar que antes queria morrer reinando do que acabar servindo.»
A 1 de dezembro deu-se o golpe palaciano e, a 15 de dezembro, foi aclamado rei de Portugal.
D. João IV, Museu de Évora (séc. XVII, autor desconhecido).