Quase cem anos depois registou-se a primeira trasladação na presença de D. João III. O cadáver foi exumado e, depois de retirados alguns ossos para um relicário ainda hoje guardado pela Ordem dos Carmelitas, foi ali erguido um mausoléu de alabastro onde foram depositados os restos mortais.
Réplica do túmulo de Nuno Álvares Pereira no Convento do Carmo, Lisboa