Em junho de 1385, João I de Castela invade pela segunda vez Portugal com o objetivo de tomar Lisboa e afastar o «Mestre d’Avis que se chamava rei» (era o modo como os castelhanos o designavam). Com os castelhanos chegou um grande contingente de cavalaria francesa. A França era aliada de Castela enquanto os ingleses haviam tomado o partido de D. João I (Guerra dos Cem Anos). Como resposta D. João I preparou-se com Nuno Álvares para a batalha decisiva. O Condestável de Portugal, que o rei nomeara aquando das Cortes de Coimbra, e o seu conselho de escudeiros montaram então uma armadilha ao exército castelhano.
A invasão castelhana debandou durante o Verão, depois da decisiva Batalha de Aljubarrota travada a 14 de agosto, perto de Alcobaça, onde o exército castelhano foi quase totalmente aniquilado, apesar de se encontrarem em vantagem numérica de 4 para 1. Castela teve de se retirar do combate e a estabilidade da coroa de D. João I ficou solidamente garantida. Em 1400 terminou a guerra com Castela e em 1411 foi assinado um tratado de aliança e de paz com aquele país reconhecendo Castela, sem quaisquer reservas, D. João I como rei de Portugal.
Em 1387 D. João I casa com D. Filipa de Lencastre, filha de João de Gaunt, Duque de Lencastre, fortalecendo por laços familiares os acordos do Tratado de Aliança Luso-Britânica, que perdura até hoje. Depois da morte em 1390 de João de Castela, sem herdeiros de D. Beatriz, a ameaça castelhana ao trono de Portugal estava definitivamente posta de parte. A partir de então, D. João I dedicou-se ao desenvolvimento económico e social do país, sem se envolver em mais disputas com a vizinha Castela ou a nível internacional. Teve como chanceler João das Regras que defendia a centralização do poder real. A partir de certa altura associou também ao governo o filho D. Duarte.
Quando o rei quis armar os seus filhos cavaleiros, estes propuseram a conquista de Ceuta, no Norte de África, em 1415. Esta praça de importância estratégica no controle da navegação na costa de África é conquistada a 21 de agosto. Após a sua conquista são armados cavaleiros, na anterior mesquita daquela cidade, os príncipes D. Duarte, D. Pedro e D. Henrique. Entretanto, na véspera da partida de Lisboa, morre a rainha D. Filipa de Lencastre.
