Imagem 3d do Corona Vírus
Em 6 de março de 2020, em pronunciamento à nação, Bolsonaro, disse às pessoas que "não há motivo para entrar em pânico" e que elas "devem seguir rigorosamente as recomendações dos especialistas como a melhor medida de proteção" durante os primeiros casos confirmados da Pandemia de COVID-19 no Brasil. Após participar de manifestações a favor dele ocorridas no dia 15 de março de 2020 mesmo diante da pandemia de COVID-19, Bolsonaro disse que, apesar de preocupante, há um "superdimensionamento" e "histeria" em relação à situação do coronavírus. Ele foi criticado por várias autoridades pela atitude de quebrar o isolamento e ir às ruas, que foi chamada de "atentado à saúde pública" por Rodrigo Maia, presidente da Câmara dos Deputados, e de comportamento como "inconsequente" por Davi Alcolumbre, presidente do Senado. No dia 18 de março, Bolsonaro respondeu às críticas ao dizer: "Eu como chefe do Executivo, o líder maior da nação brasileira, tenho que estar na frente, junto do meu povo. Não se surpreenda se você me ver, nos próximos dias, entrando no metrô lotado em São Paulo (SP), entrando numa barcaça na travessia Rio-Niterói em horário de pico; ou num ônibus em Belo Horizonte (MG). Longe de demagogia e de populismo. É uma demonstração de que eu estou do lado do povo, na alegria e na tristeza".
Durante novo pronunciamento, em 18 de março, o presidente foi alvo de um panelaço em diversas capitais do país. O ato se repetiu entre os dias 19 e 21 de março. Logo depois, em pronunciamento no dia 19 de março, disse que os atos fazem parte da "democracia" e que não será uma "gripezinha" que irá derrubá-lo. Segundo uma pesquisa da consultoria Atlas Político, 64% dos brasileiros rejeitam a maneira como o governo está lidando com a crise perante a pandemia do novo coronavirus.
Desde então, Bolsonaro passou a defender que se adotassem medidas menos severas de combate ao vírus, gerando grande insatisfação de alguns governadores, que passaram a adotar medidas próprias, buscando proteger a população dos seus estados, adotando o isolamento provisório. Foi o caso de João Dória de São Paulo e Wilson Witzel do Rio de Janeiro. O governador do Pará, Helder Barbalho, em uma coletiva de imprensa do dia 21 de março de 2020, anunciou medidas próprias para a proteção da população e também que não iria depender do governo federal. O depoimento repercutiu na mídia, dividindo opiniões. Outros governadores como Flávio Dino, do Maranhão, Camilo Santana, do Ceará e Wilson Lima, do Amazonas, passaram também a se contrapor às medidas federais.
Bolsonaro fez um polêmico pronunciamento em rede nacional no dia 24 de março, em que minimizou a gravidade da pandemia para a população mais jovem e saudável e defendeu a volta dessa população às atividades normais, mantendo em isolamento domiciliar, e com os devidos cuidados, apenas os grupos de risco como as pessoas com idade acima de sessenta anos e que tivessem comorbidades associadas, que as tornassem suscetíveis à ação do vírus. Afirmou que o impacto econômico de isolar a população em geral poderia ser mais danoso ao país do que o próprio vírus, e que pretendia que todos os que não estivessem nos grupos de risco voltassem ao trabalho, criticando duramente as medidas de fechamento do comércio e isolamento da população tomadas pelos governadores Dória e Witzel. O pronunciamento repercutiu negativamente na mídia, no meio político e até mesmo na imprensa internacional.
Estava agendada para o dia seguinte uma videoconferência entre o presidente da República e os governadores da região Sudeste, Dória, Witzel, Renato Casagrande, do Espírito Santo e Romeu Zema, de Minas Gerais, que foi marcada por uma tensa discussão entre Bolsonaro e Dória. Todos os governadores das 27 unidades federativas brasileiras marcaram também uma nova reunião virtual na tarde do mesmo dia, buscando adotar medidas protetivas e discutir o comportamento do presidente, buscando uma cisão entre as medidas tomadas pelo governo federal e pelos governos estaduais. No mesmo dia, Ronaldo Caiado, governador de Goiás e um dos maiores apoiadores do governo Bolsonaro, anunciou o rompimento com o presidente.
A chegada da pandemia ao país gerou tensão entre o presidente e o ministro da saúde, Henrique Mandetta. Enquanto o presidente Bolsonaro defende o isolamento vertical, método que consiste em isolar o grupo de risco como por exemplo idosos, o ministro defende o isolamento horizontal, isolamento total (método usado pela maioria dos países). No dia 2 de abril, o presidente chegou a dizer em entrevista que "falta humildade" a Mandetta e que nenhum ministro é "indemissível". Mandetta permaneceu no cargo até 16 de abril de 2020, quando foi exonerado e substituído pelo médico oncologista Nelson Teich.
Em 28 de abril de 2020, dia em que o Brasil atingiu a marca de 5 mil mortes registradas por COVID-19, Bolsonaro se envolveu em outra polêmica. Ao ser questionado sobre a número de mortes no Brasil ter ultrapassado o da China, respondeu "E daí? Lamento. Quer que eu faça o quê? Eu sou Messias, mas não faço milagre". A declaração foi criticada por profissionais da área da saúde, jornalistas, intelectuais e movimentos sociais.
Luiz Henrique Mandetta, então ministro da Saúde, e Jair Bolsonaro, na cerimônia de lançamento do programa Médicos pelo Brasil.
Bolsonaro (ao fundo) durante a cerimônia de nomeação de Nelson Teich como novo ministro da Saúde.
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