O presidente chegou a cogitar a possibilidade de extinguir o Ministério do Meio Ambiente, ideia que ganhou força em novembro durante o governo de transição, mas recuou na decisão. No entanto, o departamento de Educação Ambiental do Ministério do Meio Ambiente foi incorporado pela Secretaria de Ecoturismo, enquanto que o Serviço Florestal Brasileiro foi transferido do Ministério do Meio Ambiente para a Agricultura. O Ministério do Meio Ambiente também cortou 24% do orçamento do Ibama após o início do novo governo.
O governo Bolsonaro também tem feito reiteradas críticas ao Acordo de Paris e vários membros de seu governo refutam as mudanças climáticas, apesar do consenso científico. O chanceler Ernesto Araújo diz que se trata de um "dogma marxista", enquanto o ministro do Meio Ambiente, Ricardo Salles, afirma que o tema não é prioritário.
A gestão Bolsonaro cancelou um encontro regional da ONU sobre as mudanças climáticas que aconteceria em Salvador, além de não enviar representantes ao Peru para uma conferência sobre gestão florestal e agricultura organizada pelo Programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento (Pnud). O evento Semana Climática América Latina e Caribe estava marcado para os dias 19 e 23 de agosto na capital baiana e seria realizado sob o marco da Convenção da ONU sobre Mudanças Climáticas (UNFCCC). Trata-se de um dos encontros preparatórios para a COP-25, a Conferência da ONU sobre Mudanças Climáticas, que também seria realizada no Brasil por iniciativa do governo Michel Temer, mas que Bolsonaro se recusou a sediar ainda como presidente eleito. O encontro internacional acabou transferido para o Chile e será em dezembro deste ano.
O Ministro do Meio Ambiente, Ricardo Salles, afirmou que as mudanças climáticas não são um tema prioritário.
No início de agosto de 2019, Bolsonaro exonerou o diretor do Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (Inpe), Ricardo Galvão, o que provocou críticas de ambientalistas. O órgão é responsável pelos sistemas de monitoramento da Amazônia e já havia sido acusado pelo próprio Bolsonaro em julho de divulgar "dados mentirosos" e de estar a "serviço de uma ONG". No dia seguinte, Galvão respondeu a Bolsonaro e defendeu o sistema, que é reconhecido internacionalmente, sendo que afirmou ainda que não iria se demitir: "Ele tem um comportamento como se estivesse falando em botequim. Ele fez acusações indevidas a pessoas do mais alto nível da ciência brasileira. Não estou dizendo só eu, mas muitas outras pessoas. Isso é uma piada de um garoto de 14 anos que não cabe a um presidente da República fazer. Eu não vou me demitir".
Ricardo Galvão, ex-diretor do Inpe, exonerado pelo governo Bolsonaro.
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