O novo milénio não começou bem para o Benfica, 2000/01 é a pior época da História do clube, já que o Benfica termina o campeonato num inacreditável e humilhante sexto lugar, tendo no campeonato seguinte não feito muito melhor, ficando-se pela quarta posição.
Em 2002/03 o Benfica recupera sob a presidência de Manuel Vilarinho e sobe para a segunda posição. Em 2003/04, com um novo presidente, (Luis Filipe Vieira), e com o treinador José Antonio Camacho, a época do centenário do clube marca o seu regresso às conquistas: conquista o primeiro título em oito anos, a Taça de Portugal, que é conquistada com uma vitória por 2–1, no prolongamento, sobre o FC Porto de José Mourinho.
Esta época fica, também, marcada pela inauguração do novo Estádio da Luz, com capacidade para 65 000 pessoas e pelo triste falecimento de Miklós Fehér, enquanto envergava a camisola do clube numa partida em que o Benfica defrontava o Vitória de Guimarães para a Liga Portuguesa, a 25 de Janeiro de 2004.
Em 2004/05, orientado pelo conceituado e experiente técnico italiano Giovanni Trapattoni, ganha o primeiro campeonato nacional em onze anos, servindo o título de campeão para acabar com esses anos de "jejum". Num título disputado até à última jornada, uma vitória sobre o Sporting por 1–0 com golo de Luisão na penúltima jornada garante praticamente o 31.º Campeonato.
Em 2005/06 conquista a Supertaça Cândido de Oliveira pela quarta vez na sua história.
Na Liga dos Campeões de 2005/06, o Benfica chega aos quartos-de-final, derrotando o Manchester United por 2–1 no encontro decisivo da fase de grupos.
Nos oitavos-de-final da competição superou os campeões europeus em título, o Liverpool com um resultado agregado de 3–0.
A caminhada europeia do Benfica acaba nos quartos-de-final quando o Benfica perde com a equipa que viria a vencer a competição, o Barcelona por um resultado agregado de 2–0, tendo os dois golos sido marcados durante a segunda mão, em Camp Nou. Em 2006/07, Benfica e Manchester United encontram-se novamente num jogo decisivo da fase de grupos da Liga dos Campeões, no qual o vencedor iria avançar à fase seguinte. No entanto, desta vez foi o Manchester United que prevaleceu, com uma vitória por 3–1.
A 20 de Agosto de 2007, José Antonio Camacho regressa ao Benfica com um contrato de dois anos, após a demissão de Fernando Santos, depois de este apenas ter realizado uma partida no campeonato, um empate com o recém-promovido Leixões. Na Liga dos Campeões ficou-se pela fase de grupos, sendo rebaixado para a Taça UEFA e sendo eliminado nos oitavos-de-final pelo Getafe.
Camacho viria a demitir-se alguns meses depois, em Março, deixando o Benfica 14 pontos atrás do líder FC Porto no campeonato, acabando o Benfica por não conseguir ficar nos três primeiros lugares e, consequentemente, ficando fora da Liga dos Campeões da época seguinte.
A 22 de Maio de 2008, o Benfica anuncia o ex-treinador do Valência, Quique Flores como o novo treinador do clube para a nova temporada. Contudo, Quique Flores não viria a ter sucesso no Benfica, tendo apenas conquistado a primeira Taça da Liga do clube, ficando-se pelo terceiro lugar no campeonato, pela 5.ª Eliminatória na Taça de Portugal, caindo aos pés do Leixões nas grandes penalidades (5–4), e pela fase de grupos na Taça UEFA. Durante a passagem de Quique Flores no Benfica, o clube lançou a Benfica TV, o canal de televisão do clube, durante um jogo da Taça UEFA com o Nápoles.
Nas modalidades, destacou-se primeiro o hóquei em patins, com várias conquistas e grandes exibições, mas também o voleibol, o basquetebol e o andebol. Neste milénio, em 2001, foi criada a secção de futsal, tendo começado na Segunda Liga, subindo à Primeira Liga logo no primeiro ano de existência, tendo, no segundo ano, na principal Liga Portuguesa, conquistado o Campeonato Nacional. Desde então já ganharam mais quatro Campeonatos e várias Taças e Supertaças.
No voleibol, após vários anos sem conquistar qualquer título, em 2004/05 conquistou o Campeonato Nacional e a Taça de Portugal, enquanto que no andebol, em 2007/08, após 18 anos de "jejum", chega à conquista do Campeonato e, em 2008/09, à da Taça da Liga. No basquetebol surge o título de Campeão Nacional na época 2008/09, troféu que fugia há mais de uma década.
