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A conquista de Malaca, em Agosto de 1511, foi também liderada por Afonso de Albuquerque que comandava cerca de 1000 homens e uma dezena de navios. Depois das conquistas de Ormuz e de Goa, esta operação tinha como objetivo a consolidação do poder português no oriente, com a criação de uma rede de portos e praças que controlassem os acessos às principais rotas comerciais.

Informações adicionais:

A cidade portuária de Malaca controlava o estratégico estreito de Malaca, por onde todo o comércio de alto-mar entre a China e a Índia estava concentrado. A captura de Malaca foi o resultado de um plano do rei de Portugal D. Manuel I, que em 1505 havia resolvido impedir o comércio muçulmano no Oceano Índico, através da captura de Aden, a fim de bloquear o comércio através de Alexandria, a captura de Ormuz, a fim de bloquear o comércio através de Beirute, e Malaca para controlar o comércio com a China.

A Conquista da cidade

Em Fevereiro de 1511 chegou através de um mercador hindu chamado Nina Chatu uma carta de Rui de Araújo, um dos prisioneiros portugueses em Malaca, instando a avançar com a maior armada possível, e dando pormenores sobre os procedimentos. Albuquerque mostrou-a a Diogo Mendes de Vasconcelos, como argumento para avançar numa frota conjunta. Em Abril de 1511, após fortificar Goa, reuniu uma força de cerca de 900 portugueses e 200 mercenários hindus, com cerca de dezoito navios. Contrariando as ordens do reino e sob os protestos de Diogo Mendes de Vasconcelos, que reclamava para si o comando da expedição, zarpou de Goa para o sultanato de Malaca, preparado para a conquista e instado a libertar os portugueses. Sob as suas ordens estava Fernão de Magalhães, que participara na embaixada falhada de Diogo Lopes de Sequeira em 1509.

Após uma falsa partida em direcção ao Mar vermelho, contornou o cabo Comorim dirigindo-se ao estreito de Malaca. Era a mais rica cidade que os portugueses tentavam tomar, ponto mais importante a leste da rede onde se encontravam mercadores malaios, guzerates, chineses, japoneses, javaneses, bengaleses, persas e árabes, entre outros, num comércio descrito por Tomé Pires como senso de valores inestimáveis. Apesar da riqueza, era uma cidade com construções civis em madeira, com poucos edifícios em alvenaria. Em contrapartida era defendida por um poderoso exército de mercenários e artilharia, estimado em 20.000 homens e mais de 2000 peças. A sua maior fraqueza era a impopularidade do governo do sultão Mahmud Shah, que ao privilegiar os muçulmanos gerara insatisfação junto das dos restantes mercadores. Albuquerque avançou com arrojo os navios para a cidade, ornamentados com pendões e disparando salvas de canhão. Declarou-se então senhor de toda a navegação, exigindo ao sultão que libertasse os prisioneiros portugueses de 1509, que pagasse os danos causados e pedindo para construir uma feitoria fortificada. O sultão acabou por libertar os prisioneiros, mas sem se mostrar impressionado pelo pequeno contingente português. Albuquerque incendiou então alguns navios do porto e quatro edifícios costeiros, para testar a resposta do sultão. A cidade era dividida pelo rio de Malaca, e ligada por uma ponte, um ponto estratégico. A 25 de Julho ao amanhecer os portugueses desembarcaram numa luta renhida, onde foram atacados com flechas envenenadas, e ao entardecer tomaram a ponte, aguardando a reacção do sultão, mas recolheram aos navios. Sentindo que o sultão não reagia, preparam um junco alto que fora oferecido por mercadores chineses, enchendo-o de homens, artilharia, sacos de areia. Comandado por António de Abreu fizeram-no subir o rio na maré alta, até à ponte, com sucesso: no dia seguinte todo contingente tinha desembarcado. Investindo ferozmente, derrubaram as barricadas que tinham sido construídas entretanto. De súbito, o sultão finalmente apareceu, chefiando o seu exército de elefantes de guerra para esmagar os invasores. Apesar do espanto, um dos portugueses, Fernão Gomes de Lemos, aproximou-se e espicaçou um dos animais com uma lança, fazendo-o erguer-se e recuar. Outros portugueses imitaram-no e a frente de elefantes recuou em pânico, derrubando o exército que os seguia, e o próprio sultão, lançando o caos e dispersando-o. Seguiu-se uma semana de calmaria. Albuquerque descansou os seus homens e aguardou a reacção do sultão. Os mercadores aproximavam-se sucessivamente, apelando aos portugueses por protecção. Foram-lhes dadas bandeiras para assinalar os seus estabelecimentos, sinal de que não seriam saqueados. Em 24 de Agosto os portugueses atacaram de novo, mas o sultão e os seus aliados guzerates haviam partido. Sob ordens firmes procedem ao saque da cidade, respeitando as bandeiras, no que seria mesmo assim um saque fabuloso.

Albuquerque permaneceu na cidade, construindo de imediato uma fortaleza, preparando as defesas contra um eventual contra-ataque malaio, distribuindo os seus homens por turnos e utilizando as pedras da mesquita e do cemitério. Apesar dos atrasos causados pelo calor e pela malária, foi concluída em Novembro de 1511, e ficou conhecida como "a famosa", de que hoje sobrevive a porta. Terá sido então que Albuquerque mandou gravar uma grande pedra com os nomes dos principais participantes na conquista. Como se gerou grande discussão sobre a ordem em que deveriam surgir, Albuquerque tê-la-á mandado assentar voltada para a parede, apenas com a inscrição Lapidem quem reprobaverunt aedificantes. ("a pedra que os construtores rejeitaram", em latim da profecia de David, Salmos 118: 22-23) na frente.

Em Malaca Albuquerque estabeleceu a administração portuguesa, nomeando Rui de Araújo feitor e designando Nina Chatu para substituir o anterior bendahara, como representante da população cafir e conselheiro. Além de auxiliar na governação da cidade e cunhagem de moeda, este forneceu também o juncos onde seguiram diversas missões diplomáticas. Simultaneamente, prendeu e executou impiedosamente o poderoso mercador javanês Utimuta Raja, a quem fora dado o cargo de representante da população javanesa, mas que manteve contactos com a família real no exílio.