Com o crescimento de sua estrutura ao longo dos anos, o campus universitário também ficou limitado. Com isso, em 2001, teve início o processo de expansão para uma segunda área. Popularmente chamado de Campus 2 e com mais de 100 hectares, o local foi oficialmente inaugurado em 4 de novembro de 2005, ano em que passou a incorporar as atividades acadêmicas da Universidade na cidade. Outra área pertencente à USP está localizada junto à Represa do Lobo (Broa), no município de Itirapina, onde está instalado o Centro de Recursos Hídricos e Estudos Ambientais (CRHEA).
